中国农业科学院西部农业研究中心（以下简称西部中心）成立于2017年9月，是中国农业科学院、新疆维吾尔自治区共建的平台性、应用性、综合性农业科学研究机构，坚持“立足昌吉、服务新疆、面向西部、辐射中亚”的总体战略，以“需求导向、团队作战、中心主推、院所保障”为发展思路，致力于解决西部地区特色绿洲农业重大科技问题，服务西部农业生产和产业发展重大需求，保障我国粮食安全和重要农产品供给，助力乡村振兴。2022年6月，中国农业科学院推进落实“举院援疆”战略，在西部中心加挂“中国农业科学院科技援疆指挥部”牌子。

西部中心位于新疆昌吉国家农业高新技术产业示范区，占地面积155亩，试验基地2050亩，现有专职管理人员32人，科研人员规模300余人；启动建设国家农业生物安全科学中心西北中心、国家盐碱地综合利用技术创新中心西北分中心、国家农产品加工技术研发中心西北中心、棉花生物育种与综合利用全国重点实验室新疆中心和中国农业科学院中亚农业研究中心等高能级创新平台；挂牌运行中国农业科学院研究生院西北管理分院，获批自治区博士后创新实践基地；全力打造昌吉老龙河综合试验基地，统筹管理全院在疆11个试验基地，构建开放共享的科技援疆试验基地“一盘棋”格局。

西部中心锚定新疆农业强区建设整体目标，奋力担起新时代科技援疆的历史使命，聚焦水资源利用、戈壁农业、生物安全、盐碱地综合利用、绿色集成示范技术供给等5类科技问题，围绕粮油、棉花、果蔬、畜产品、生物育种、农产品精深加工等6大产业集群强化科技支撑。在中国农业科学院科技创新工程支持下，西部中心建有粮食作物增产增效、高品质棉花生产、戈壁生态农业、林果提质增效、作物生物安全、畜禽健康养殖、特色农产品加工等16支创新团队，发挥国家战略科技力量示范引领作用，助力新疆乃至西部农业发展再上新台阶。